Питання реформування освіти стало одним з приорітетних для новообраного митрополита Петра Могили. Ще будучи архімандритом він заснував школу при Києво-Печерській лаврі за західноєвропейським зразком. Вже існуюча на той час у Києві школа, започаткована 1615 р. Київським Богоявленським братством, знаходилася під протекцією православного духовенства і заснування нової школи з її “латинськими” пріоритетами, викликало невдоволення міщан і козаків. Спірне питання було вирішено шляхом об’єднання Лаврської школи з братською, яка з 1632 р. почала функціонувати на Подолі, де раніше була школа братства. Братство визнало Петра Могилу фундатором школи й дожиттєвим покровителем. Так з’явився новий навчальний заклад – Київський колегіум, згодом – Києво-Могилянська академія.Митрополит Петро Могила докладав багато зусиль для піднесення авторитету Православної церкви і повернення їй гідного місця серед інших церков, унормування її правового становища, а також поліпшення матеріального стану. Йому доводилось вести довготривалі судові суперечки з представниками унійної церкви та місцевої шляхти за маєтності – про це свідчать документи з книг ґродських і земських судів – Луцького, Володимирського, Київського і Житомирського; ці записи містять відомості про судові справи Петра Могили з унійними митрополитами Йосифом Велямином Рутським та Рафаїлом Корсаком, родинами Горностаєвих і Собеських тощо (іноді до документів судової справи додавались межові карти). Також він дбав про повернення відібраних уніатами церков і майна, насамперед у Києві: собору Святої Софії, Десятинної церкви, Трьохсвятительської церкви, а також церкви Спаса на Берестові, якій подарував Євангеліє (видане в друкарні Львівського братства в 1636 році) з позначкою на нижньому медальйоні верхньої кришки: “Ʃіє Єv[ангє]ліє дадє въ Храм Прɛωбражєніѧ Г[оспод]нѧ на Бєрєстовѣ въ славу Х[ріст]а Б[ог]а, въ памѧть жє сєбѣ и родитєлєм своим Пєтръ Могила, а[р]х[і]єп[иско]пъ кієвскій в лѣ[то] АХМА (1641) ноєв[ря] А (1)”. На верхньому медальйоні – герб митрополита Петра Могили.